A pesar del éxito de la Liga, el entrenador tuvo varios conflictos con el español Diego Costa a lo largo de la temporada, además de que en la Copa de la Liga fue eliminado por el West Ham y más tarde cayó en la final de la FA Cup ante el Arsenal impidiendo el triplete nacional. El Athletic había ganado el primer asalto, pero todo se resolvería en el estadio del club inglés, Old Trafford, aunque el partido se disputaría finalmente en Maine Road, debido a que el estadio de los Red Devils se encontraba en obras.