Estuvo presente en los partidos de ida y vuelta contra el FC Barcelona, que el Chelsea salió triunfador con un resultado de 3-2 global, con un papel esencial dentro del juego, recibiendo un par de amonestaciones que no le permitirán jugar la final de la UEFA Champions League en Múnich. El 13 de mayo de 2013, día del último partido de Alex Ferguson dirigiendo al Manchester United antes de jubilarse, Wayne solicitó ser traspasado al conocer que el sustituto de Ferguson sería David Moyes, camisetas del chelsea el entrenador que le hizo debutar en el Everton.