En tanto, en el Torneo de Clausura el equipo realizó una campaña positiva terminando con el mejor puntaje del grupo 1 y de la tabla general de la fase clasificatoria, al sumar 38 puntos, clasificando con ello a la Copa Libertadores 2009 en calidad de «Chile 3». No obstante, en cuartos de final, los azules perdieron por 0-3 en Calama ante Cobreloa y aunque en el partido de vuelta vencieron por 3-2, chelsea equipacion la diferencia de goles favoreció al cuadro naranjo y la «U» volvió a quedar fuera de la lucha por el título.