De nuevo, tras una segunda vuelta espectacular, con once victorias, finalizaron en séptima posición lo que les dio acceso a la fase previa de la Liga Europa de la UEFA 2017-18. El 24 de mayo, José Ángel Ziganda se convirtió en nuevo entrenador del conjunto bilbaíno, camiseta del chelsea 2022 tras la marcha de Ernesto Valverde al F. C. Barcelona. Un final demasiado amargo para la que había sido una temporada cargada de ilusión y momentos que quedarán en la historia del club para siempre.