Lo hizo con un equipo plagado de jugadores del filial y cayendo contra todo pronóstico ante el modesto CFR Cluj de Rumania. Durante las tres siguientes temporadas 2004/05, 2005/06 y la 2006/07 lo poco destacable del Athletic fueron las incorporaciones al primer equipo de jugadores como Fernando Llorente, Aritz Solabarrieta, Fernando Amorebieta o Beñat Etxebarria. En el verano del 2006, antes de arrancar la temporada, se anunció la retirada de un mito del Athletic, toda una vida de rojiblanco, un auténtico One Club Man Julen Guerrero, decía adiós al fútbol tras catorce temporadas en el primer equipo y siendo su capitán la mayoría de ellas.